E-Art, что значит скрытую? Если программа запускается с активным окном, то оно и будет отображаться.
Если ярлык программы в автозагрузке, можете в его свойствах установить, чтобы свернутым запускалось. Можете командный файл написать, чтобы свернутым запускать start /min.
См. также
Скрытие консольных окон
Ускорение загрузки Windows Vista с помощью планировщика заданий
