[vadblm]

Ну например можно сделать симлинки вида /srv/www/site -> /home/user/www и сказать юзеру, что его сайт в /www, а в корне (с его точки зрения конешно, ведь мы его чрутнули) пусть мусорит как хочет. Да и "служебные файлы", которые вообще-то всего лишь конфиги юзерские, можно и удалять - всё равно шелла у него нет и они ему ни к чему.