[TrenAr]

Просмотрите поиском весь реестр на наличие записей относящихся к msconfig.exe и определите для чего каждый из ключей нужен. Благо реестр вещь интуитивная, а ключей вряд ли будет много.
У меня было такое вроде, там просто идёт запуск в некоем фоновом режиме. Убирается удалением ключа.

Ещё можно пройтись утилитами чистки\оптимизации реестра - они могут помочь выявить.