Ошибся, нужно после создания контейнера System manager дать полные права аккаунту машины где будет стоять SCCM на этот этот контейнер.
PS: Configuration Manager автоматически не создает контейнер System Management в доменных службах Active Directory при расширении схемы. Контейнер необходимо создать один раз для каждого домена, в который входит сервер сайта Configuration Manager, который будет публиковать сведения о сайте в доменных службах Active Directory.
technet