[DmitryOlenin]

Спасибо, вы меня выручили.
Скрипт полностью восстановил работоспособность SafeMode.
Проблему Safe Mode можно считать решённой.

Malwarebytes Anti-Malware нашёл мне какой-то троян ещё в реестре - почистил.
Полную проверку сделать пока не решился, ибо это займёт часов 8 минимум.
К слову, на безобидный newtstop.dll (из коплекта пилюлек для Radmin) ругается.
А Лаборатория Касперского ещё 29.04.2008 исключила этот файл из базы троянов.

Логи приложу чуть ниже.