Южный мост визуально целый? Нет возможности подключить контроллер USB to PCI для проверки?
conficker вроде не приводил к отключению USB портов?
P.S. Кстати не ваш вариант
Проблема подключения USB - устройств в WinXP (любого USB-устройства)
Windows не монтирует USB устройства (подробно)