mnbv, в принципе можно отписать Explorer.exe с оболочки, а потом грузить же этой командой, только это будет не совсем отключение GUI. Да и вообще, в NT линейки GUI интегрирована в ядро, так что совсем как в 98й не получится.
Но всё же для более серьёзного абстрагирования от GUI, можно поставить Windows Server
2008 /
2008 R2 в Core варианте. Но опять же, "отключение" от GUI в этом случаи будет не до такой степени как было в 98, и в этом случаи навряд полноценную среду вовсе можно будет загрузить какой-либо командой, так как в Core по умолчанию такого не предусмотрено.
Windows Server 2008 Core: установка сервера с командной строкой
2008 Core edition
