[Sham]

Если у плеера есть возможность сохранять в кэше/кукисах инфу о проигрывании, и в дальнейшем учитывать это, то да. Иначе - нет, ибо плеер в любом окне - это по сути один самостоятельный DOM-объект.
В таких случаях плеер открывают в маленьком поп-ап окошке, в котором никаких ссылок и адресной строки нет. В то время как плеер в этом окошке будет играть, юзер спокойно может переходить по ссылкам в основном окне сайта.