Их несколько...
1 Команда
start может выполняться только из
cmd.exe и без него работать не будет.
2 Команда
start /wait лишена смысла, т.к., при запуске из
cmd.exe пока не отработает запуск
//MO2003/setup.exe, следующая строка не начнет выполняться. В модуле тоже самое с командами
RunProgram.
3 Если это путь
//MO2003/setup.exe, то он очень странный, слеши должны быть обратные и удвоенные, и начинаться он со слеша не должен.