[Petya V4sechkin]

Но Tweak UI со значками так и не помог

Навскидку могу сказать, что отсутствуют иконки приложений, устанавливаемых из .msi (Windows Installer). Эти иконки хранятся в папках \WINDOWS\Installer\{код_продукта} (возможно, у вас они удалены).