Vadikan, если я правильно понял то нужно в SetupComplete.cmd прописать запуск файла реестра в котором будет для моего случая следующее:
Код:

;+!!!+Настройка меню игр
[HKEY_USERS\.DEFAULT\\Software\Classes\Local Settings\Software\Microsoft\Windows\GameUX]
"FirstRunDialogLaunched"=dword:00000001
"DownLoadGameInfo"=dword:00000000
"ListRecentlyPlayed"=dword:00000000
"GameUpdateOptions"=dword:00000002
;+!!!+Переключение языка ввода - Ctrl+Shift
[HKEY_USERS\.DEFAULT\\Keyboard Layout\Toggle]
"Language Hotkey"="2"
"Hotkey"="2"
;+!!!+Отключение анимации окон при свертывании и развертывании
[HKEY_USERS\.DEFAULT\\Control Panel\Desktop\WindowMetrics]
"MinAnimate"="0"
Я правильно Вас понял?
Если да, то подскажите на коком проходе это происходит. Мне не нравится то что будет моргать дос окно от SetupComplete.cmd. Я лучше добавлю синхронную команду на нужный проход для выполнения данного твика реестра. Я так сделал для HKLM на 4-м проходе:
Код:

Regedit /S %WINDIR%\Setup\Scripts\HKLM.reg