Все намного проще. Для изменения раскладки для любого окна созданного в AutoIt (в том числе и
InputBox()), нужно изменить раскладку для скрытого окна AutoIt.
Код:
AutoItWinSetTitle('MyAutoItTitle')
_WinAPI_SetKeyboardLayout(WinGetHandle(AutoItWinGetTitle()), 0x0419)
InputBox(...)