hobbit25, я не очень понял суть вопроса... Если вы автоматизируете установку программ, то обзор способов здесь
http://www.oszone.net/8594 Очевидно, что используя SetupComplete.cmd или FirstLogonCommands, можно установить все ПО. Достаточно организовать автоматический вход в систему административной учетной записью.
А после установки ОС пользователь устанавливает приложения как обычно. Для установки ПО не нужны права на системные папки. Но если это не администратор, могут потребоваться права администратора непосредственно для установки приложений. Но чтобы сделать себя владельцем папок они все равно нужны. Поэтому ваша идея с твиком не имеет смысла.