[APOSTOL]

В том плане, что при загрузке комп вначале обрабатывает файл Config.sys, затем файл Autoexec.bat, и после этого грузит файл Win.com.

Если в последней строчке файла Autoexec.bat задать выполнение DOS программы - будет вначале выполнена она, и лишь после её закрытия загрузится Windows.

Попробуй прописать туда хотя бы NC для эксперимента. Если требуется мышь - перед запуском NC нужно запускать DOS-драйвер мыши.