Попробуйте так:
Извлекаем файл
MANIFEST.MF в папку
META-INF\MANIFEST.MF
Код:
"%ProgramFiles%\7-Zip\7z.exe" x Wjimm.jar META-INF\MANIFEST.MF -y
После манипуляций с указанным файлом (для чего то он извлекался) заменяем файл в архиве на файл из папки
META-INF\MANIFEST.MF
Код:
"%ProgramFiles%\7-Zip\7z.exe" a Wjimm.jar META-INF\MANIFEST.MF