Можешь попробовать как и с флэшкой, на первый раздел поставь Grub, а через него подключай необходимые iso, так сможешь и обезапасить LiveCD от вирусов, а насчёт пароля на второй диск можешь попробовать программу TrueCrypt (
http://ru.wikipedia.org/wiki/TrueCrypt ) либо аналог, она шифрует диск.
