Самая лучшая система контроля ошибок это их недопускание, но как показывает практика, этого не избежать.
Я давно написал (на основе аналогичного проекта) обработчик таких фатальных ошибок, но продолжение скрипта при ошибках не осуществить (только перезапуск), не в AutoIt (на данный момент по крайней мере).
AutoItErrorHandler