С ключом /VERYSILENT он у тя сам автоматом ставится, не надо ничо нажимать autoit ом! Просто тогда запусти
Код:
Run("ccleaner.exe /VERYSILENT")
и не надо никаких winwait, controlclick и прочего, а так получается что он висит потому что ждет окно которое никогда не появится!