Бэкап базу не чистит. Для этого нужна offline-дефрагментация, при помощи eseutil.
База Exchange - это и есть один файл. Остальное логи транзакций, которые удаляться после full-бэкапа. Файл копировать нельзя, он занят процессом Store.exe. Копия будет неактуальна. Утилиты бэкапа используют VSS-writer, для этих целей, что позволяет снимать актуальную копию во время работы
А вообще придется слегка почитать
http://technet.microsoft.com/ru-ru/l.../bb124515.aspx