Дополнительный контроллер Вы подняли? Меню Администрирование - Сайты и сервисы - Sites\Default-First-Site-Name\Servers\<Имя сервера>\NTDS settings - свойства - ставим галку на дополнительном контроллере. После понижения роли основного контроллера роли FSMO с основного должны быть переданы на дополнительный. Если этого не произошло, используем утилиту ntdsutil. Просмотрите тему
http://forum.oszone.net/thread-134099.html, там есть полезные вещи )