Давай попробуем разобраться:
1. Файл получен с HDV камеры с FULL HD разрешением.
2. Ваше видео NTSC 16/9 переводить его в PAL т.е.720*576 не целесообразно, а иногда убийственно для самого видео.
3.
Cinema Craft Encoder SP2 не преднозначен для работы с данным форматом (собственно ответ на вопрос)

, если материал Ваш попробуйте слить его на ПК в разрешении
720*480 NTSC (смотри настройки камеры) формат DV, если получиться, то Cinema Craft Encoder съест.
4. Если использовать Cinema Craft Encoder не принципиально, то пробуй Canopus ProCoder v 2.0 и выше .
5. Или ставь Adobe Premiere Pro CS4 , эта монтажка поддерживает данный формат видео, в ней отредактируешь отрежешь все лишнее, и много др. сделать можно . Возможности безграничны. Cinema Craft Encoder прикручиваешь как плагин и после всех манипуляций с видео выводишь через Cinema Craft Encoder .
6. Преобразование NTSC 720x480 в PAL 720x576 к хорошему не приводит, может быть рассинхронизация с звуком, потеря качества картинки, цветовой дисболанс. Осталвляй как есть !!! Хотя перевод из 1 920 /1 080 в 720x480 тоже бесследно не пройдет качество картинки ухудшиться и с этим приденся смириться !
Если Вопросы остались пиши. Помогу чем могу.