скорее всего, из-за сбоев электропитания либо BSOD слегка накрылась файловая система, тип которой вы не указали
стоит запустить "проверку диска" из комплекса утилит типа Partition magic или Acronis - глядишь, найдут "тела" потерянных файлов.
Ещё найти их может стандартная проверка диска (для диска -> свойства, обслуживание) или команда chkdsk, но уж больно они "информативны". В последнем случае, если эта программа чего-нибудь найдёт, то создаст несколько каталогов в "корне" диска - расположенные там файлы надо будет переименовать вручную.
