[jentoso]

ofcoss, если программа будет запускаться через него, то можно использовать taskkill.
Можно еще просто поставить запрет на запуск программы в политики безопасности, там используется хэш, так что не будет влиять то, что программа будет запущена с другого места или переименована.
Можно сделать это чере AutoIt, поищи в соответсвующей ветке.