[ruslandh]

Под 64-битной платформой нет wine и ряда коммерческих приложений. Например, adobe flash player только бета версия (и то сразу её не найдёшь).
Выигрыш в производитетельномти небольшой - 3-5%, да и то при ОЗУ больше 2-х Гб. Но 64-x битный Linux работает более устойчиво (не ощущается тормозов дисковолй системы при нагрузке и т.п.).
Если дистрибутив поддерживает biarch работу библиотек и приложений, то это недостатки менее заметны (можно использовать и 32-х битные приложения), но c biarh теряется смысл применения 64-битной архитектуры (все плюсы сводятся на нет).

64 битная архитектура имеет определённый выигрыш при использовании аппаратной виртуализации и при компиляции приложений на обеях архитектурах сразу.

Про Windows спрашивайте в разделах форума про Windows.