emilj, возможно. Только у меня сделано через nginx, что для тебя сложно и не нужно. Как конкретно сделать - не знаю, а в общем так.
Ссылка не на сам файл pdf, а на php-файл. К примеру -
http://academyrh.info/pdf.php?nomer=200609
Лучше поискать в гугле - счётчик закачек.
Там есть простейший и древний пример, но насколько он хорош, не знаю.
PHP код:
<?
$nomer = intval ($_GET['nomer']);
$file=$nomer.'.pdf'; // сюда впишите путь к файлу с именем файла
$count=join('', @file('count.txt'));
$count++;
$f=@fopen('count.txt', 'w');
fwrite($f, $count);
fclose ($f);
header ('location: ' . $file);
die();
?>