Нет, дизайн мне совершенно не нравится. Сочетание цветов ужасно-ядовитое. Но это моё мнение, кто-то может думать иначе)
Должно быть, дизайн верхушки и "низушки" находится в файлах top.mtk и bottom.mtk. Это обычные html, которые можно редактировать хоть в блокноте, хоть в чём-то другом (не забудьте сделать резервные копии).
Счётчики в counters.txt.
В menu.php скорее всего только скрипт, а сами пункты прописаны в menu.txt (в общем-то, зная структуру сайта, я могу и напрямую посмотреть:
http://academyrh.info/menu.txt). Просто добавьте их ниже. Соответственно, submenu3.txt и submenu4.txt точно так же можно расширить.
Добавлять новые страницы - это те, которых нет в текущих рубриках? Попробуйте для начала просто расширить меню. Может быть в админке появится возможность добавления статей в новые разделы.
И лучше бы вам этот список файлов из сообщения сейчас стереть. Мало ли хакеров мимо ходит. Не надо облегчать им задачу.