Noomorph, после переписки с моим знакомым, могу предложить следующее:
1. Изменение размера кластера (поэксперементировать с разными);
2. Изменение ID раздела (NTFS <-> FAT32 <-> FAT16). Лично проверял, после 2-х "прогонов", папки/файлы не открывались, "но "крякозяблов" не было. Специально использовал "простенький" Paragon Partitin Manager.
Это простые способы, возможно, не сработают. Есть более сложный с испльзованием WinHex, на входе "полный набор" - и "крякозяблы" и не открытие/чтение. Но не было времени разбираться. Если простые не сработают, то отошлю "сложный способ" в ПМ.
Удачи,