Есть такая конфигурация. Как сделать, так чтобы SFX создал ярлык и на рабочем столе и в меню "Пуск - Программы".
Код:

;!@Install@!UTF-8!
Title="..."
ExtractPathText="..."
ExtractPathTitle="..."
ExtractDialogText="..."
ExtractTitle="..."
GUIFlags="2+4+8+16+128"
GUIMode="1"
InstallPath="%ProgramFiles%\\..."
Shortcut="Du,Pu, {%%T\\application.exe},{},{Папка_для_ярлыков},{},{Ярлык},{},{},{}"
;!@InstallEnd@!