[volk1234]

truvo
Для начала почитайте описания современных вирусов. Торчать посреди винчестера как 3 тополя на Плющихе современному вирусу не с руки.
То есть они(вирусы) стремятся затерятся в системных папках на диске С:
Преградой физически разделение на диски не будет, но сдлает борьбу с вирусами удобнее.
Вам важнее проследить, чтобы оба этих раздела были NTFS и не работать с правами администратора.
Тогда и вирусу будет намного сложнее, он просто не сможет записатся в реестр\на диск. Не пренебрегайте этим способом - он самый эффективный, особенно против неизвестных вирусов.
Да в таком случае надо настраивать разрешения для программ - чтобы они работали под Пользователем, но это один раз, а потом спокойная работа.