Я думаю единственный надежный способ ее идентифицировать, это по содержимому.
Т.е. там в папке должен быть хотя бы какой-то файл который точно идентифицирует эту папку как ту что оставляет Net Framework 3.5 SP1.
примерно так:
Код:
for /d %%i in (*) do call :d %%i
:d
IF EXIST %1\имя_файла rd /s /q %1
goto :eof
код не проверял, просто принцип описал.
