[Elbek]

Пробежался по скрипту, и думаю что ошибка в строках:
1.DirCreate("C:\FS\") - Зачем создавать эту директорию, если как я понял по скрипту она уже существует. и если dircreate стоит после fileopendialog при не выбранном файле сообщения об ошибке не будет.
2.Run("C:\FS\fbn2fs\sefstool.exe" & $var & "C:\FS"). - здесь запускается строка run с filename -ом C:\FS\fbn2fs\sefstool.exeС:\dir\xxx.fbnC:\FS

и еще не понятно зачем нужна строка $var = StringReplace($var, "|", @CRLF)
StringReplace не найдет в любом случае символ "|" в $var.