[Envel]

Глядя на ваш top ничего сказать нельзя. Вы должны сами позапускать различные приложения и посмотреть, какие процессы едят в момент притормаживания ресурсы.
В том файле, что вы привели, лидирует xskynet_mdk. Скорее всего в нем и дело. Смущает приставка mdk (не от mandrake ли?). Все-таки погуглите на тему skynet в debian/ubuntu и обновите эту программу.