Надо тщательно изучить аудио и видео дорожки:
- для начала откройте, например, в Mediplayer Classic видео, подгрузите аудио. Добейтесь синхронизации видео и аудио в самом начале с помощью соответствующих горячих клавиш. Теперь перемотайте в конец фильма. Если синхронизация не нарушилась, то это самый простой случай - надо лишь отрезать лишний кусок (с начала или с конца) у аудиофайла.
- если лишней информации в аудиодорожке нет, то надо в к.-л. аудиоредакторе изменить ее длину. На слух получится немного повыше голоса, а, может, и незаметно будет
Судя по разности в длине - более 3х минут - все же есть лишние куски.
В любом случае, пережимать видео не нужно. Изменить задержку аудио можно в VirtualDub.