Jekson07, разобрался с логами. Не корректно пропатчиваются файлы:
Код:

capesnpn.dll
ieframe.dll
ieframe.dll.mui
inetcpl.cpl
urlmon.dll
Часть новых ресурсов в эти файлы не попадает из-за неверной команды
-modify в скриптах, когда делается попытка модифицировать ресурс, которого нет в исходном файле. Возможно, что часть файлов относится к ИЕ7 (тестировал на ИЕ8), тогда приношу извинения за беспокойство.