Ситуация такова.
Ты можешь поставить себе сколько угодно контроллеров, и повесить на них сколько угодно дисков. Какие при этом могут возникнуть проблемы.
Первая и основная.
Далеко не все внешние контроллеры поддерживают ATAPI устройства, к которым относятся CDROM и аналоги, LS120, Zip etc. Т.е. с большой долей вероятности упомянутые девайсы работать не будут. Далее могут возникнуть проблемы с настройкой и ресурсами. Но если возникнут - пиши сюда, подумаем