Ну хотябы в том, что FileOpen используется неверно, в справке же есть пример использования этой функции. Но при чтения всего файла, совсем не обязательно его открывать:
Код:

#NoTrayIcon
$sFile1 = "H:\Program Files\uTorrent\ipfilter.dat"
$sFile2 = @ScriptDir & "\ipfilter.dat"
$sOldIpFilter = FileRead($sFile1)
$sNewIpFilter = FileRead($sFile2)
MsgBox(64, "Old IpFilter", $sOldIpFilter)
MsgBox(64, "New IpFilter", $sNewIpFilter)
If $sOldIpFilter == $sNewIpFilter Then
MsgBox(64, "", "IpFilter актуален")
Else
MsgBox(64, "", "IpFilter не актуален")
EndIf
Exit