У меня на флешку очень медленно записывается, когда включен оптимизатор памяти(Mem optimizer или типа того ), вообщем может стоят такие оптимизаторы оперативной памяти. Еще такое бывает , если компьютер слабоват. У меня например на пентиуме втором, при запуске винампов и др. программ скорость падала с 800 кб/с до 200
Еще можно посмтореть, стоят ли драйвера на винде для контроллера usb и посмотреть определяется ли флешка при всовывании, как должны определяться, т.е. пишется там производитель или типа того. Если нет, то можно ее перепрошить специальными утилитами от производителя(по контролееру на флешке определяется, это чип который на ней стоит можно программами специальными узнать или вскрыть корпус флешки и посмотреть).
А еще можно флешку форматнуть и проверить на поврежденные сектора
