Насчет .au3 я точно не знаю (я всегда собираю инсталятор в виде SFX-архива и какие-то лишние 30кБ там роли не играют), если у вас есть вопросы по работе с AutoIt, читайте HELP к проге или пишите в форум по AutoIt -
http://forum.oszone.net/forum-103.html