Если не задавать элементам, находящимся над контейнером с флэшем (над чем угодно), фонового цвета, фонового изображения и цвета границ, то они будут абсолютно прозрачны. Т. е. все будет определяться тем как вы организовали верстку. Конечно, можно
поиграться с opacity, но только в случае, если нужна именно полупрозрачность - нет смысла задавать блок с картинкой и прочим оформлением и делать его полностью прозрачным.