V90, защита - это целый комплекс мер. Здесь Очень большую роль играет ОС, тополгия сети, каналы связи с внешним миром, наличие централизованного управления и прочее, прочее, прочее. Если есть сервер в интернете с реальным IP адресом, то необходимо изначально, как можно более четко определить его роли, и производить их настройку.Аппаратные и программные файрволы никто не отменял. Димилитаризованную зону тоже.Самая лучшая защита - это логика. Т.е. на все папки должны имется четкие права чтение/запись. Права в системе - не более,чем пользователь и т.д. Полностью надеяться на антивирус не стоит.
В интернете есть также программы, позволяющие оценить степень защищенности ПК.
Nessus к примеру. Программа производит атаку, и выявляет слабые места в оборне.