DimonV,
используйте совместно с аддоном
x-Reset и запускайте WPI c помощью него при втором входе, тогда run.cmd не нужен. Либо можете с ключами Runonce поиграться, в Z_DRV_INST он ZZZZ_002, а в WPI - 999. Но имхо с помощью x-Reset вы добьетесь наиболее корректной работы того, чего вы хотите.