srustik, очевидно, задача сводится к тому, чтобы определить, какой процесс обращается к диску. Однако прямолинейного решения или универсального рецепта. не существует. Для начала диагностики вам нужно отключить все физические диски кроме того, на котором находится система. Затем минимизировать кол-во запущенных приложений при запуске с помощью msconfig или Autoruns, оставив только системные процессы и необходимые драйверы. Также, лучше остановить службу Windows Search. Там же в msconfig на вкладке Службы можно отключить все не-Microsoft службы. Т. е. идея в том, чтобы при запуске не было сторонних приложений.
Если и в этом случае наблюдается проблема, можно запустить
Process Monitor. По умолчанию он отслеживает процессы, реестр и файловую систему. Вам нужно следить только за ней, отключив остальное слежение с помощью кнопок на панели
Думаю, что при этом у вас все равно будет немало результатов в списке. Дальше нужно применять фильтр, исключая различные процессы. Пример исключения explorer
И обращать внимания на столбец Result. Success означает успех, но у вас, видимо, проблема у какого-то приложения, так что должно быть Failure, Access Denied или что он там напишет...