[gora]

Set /a %1=360000*%time:~0,2%+6000*%time:~3,2%+100*%time:~6,2%+%time:~9,2% »

Это Вы зря изменили, будут ошибки когда минуты, или секунды, или сотые доли секунд будут иметь значение меньше 10 (т.е., 04, например). В моем коде этой ошибки не будет.