Код:

@Echo off
Call :Sec strt1
"C:\Program Files\dd-0.5\dd.exe" if="L:\10.avi" of="N:\102.avi"
Call :Sec strt2
Set /a delta=strt2-strt1
If %delta% LEQ 9 (Set delta=0,0%delta%) Else If %delta% LEQ 99 (Set delta=0,%delta%) Else Set delta=%delta:~0,-2%,%delta:~-2%
Echo Время выполнения = %delta%с >> E:\times.txt
:Sec
Set /a %1=360000*%time:~0,2%+6000*%time:~3,2%+100*%time:~6,2%+%time:~9,2%
GoTo :EOF
Отлично, вот такой окончательный вариант скрипта.