связь процессов и файлов из которых они запущены
 

Подскажите, пожалуйста, как можно из командной строки задать запуск приложения с заданным приоритетом в windows xp.

Команда start. Наберите в консоли help start, и вам выдаст все возможные параметры.

Все дело в том, что это приложение запускается из пакетного файла. Затем когда приложение отработает, пакетный файл продолжает свою работу. Если использовать start - приложение запускается в новом окне и батник не узнает когда нужно продолжать.
Вопрос: если запустить батник с высоким приоритетом, будут ли иметь высокий приоритет запушенные батником программы?

Попробуй так:
START /HIGH /WAIT [команда/программа]