У меня 2 первичных раздела С и D.Сначала на С был Милениум(Rus),на D Win98SE(Rus).Отформатировал D и решил поставить Win2000Pro.Не хочет,выводит что не находит boot loader.А поверх 98SE установилась.Теперь поменялись буквы местами С=2000 и D=Милениум.Win2000 загружается нормально и видна Милениум.С помощью Partition Magic 8.0 ставлю D активный раздел,загружаюсь чёрный экран и комп сам выключается.Ставлю активный С синий экран и пишется что-то по-английски про загрузочные вирусы.У меня обе системы FAT 32.Сделал проверку дисков всё в  норме.Хотелось бы с двух дисков грузится,что посоветуете?

Во-первых, незачем тебе активные диски менять.
Видимо, тебе кто-то нехорошую сказочку рассказал, что чтобы винда грузилась с диска D, он обязательно должен быть активным - неправда это. Назначение активного диска в том, чтобы BIOS знала, откуда начинать грузить систему, а дальше уже как загрузчик написан, так и загрузка пойдет, хоть вообще из неразмеченой области.  Так что принцип такой: делаешь активным первый раздел, ставишь сначала Линолеум (терпеть его не могу, если честно), потом 2000 (тогда при установке автоматом в меню выбора ОС добавится МЕ, под названием Microsoft Windows), активный раздел не меняешь. и все работает.
Кстати, винды на разные разделы ставить конечно, лучше, но если жалко места - можно ставить на один. Конечно, от этого могут появиться глюки, но только могут, т.е. необязательно появятся. Да и глюки разные бывают.
У меня например 3 винды и дос от 98 стоят на одном разделе - и ничего, работают.

Сейчас у меня загружается только Винды2000 и вначале нет выбора систем,хотя ещё есть Милениум и он виден с 2000-ого.Где искать этот загрузчик и что там написать.Мне нужно восстановить загрузку Милениум.

ммм... вот как, значит....
ну тогда, если не хочешь сделать так, как я сказал (переставлять винды), можно сделать по другому, но, если знаешь как DiskEditor'ом пользоваться:
выясняешь, какой у тебя раздел активный - раз винтукей грузится, загрузчик евоный там искать нужно. В корневом каталоге этого раздела есть файл boot.ini, в нем написано нечто похожее на:

поясню, что это значит:
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1) - это раздел, на котором стоит 2000, последняя цифра - это собственно номер раздела
\WINNT - ну, собственно в этой папке 2000 стоит
C:\ - имя папки, в которой лежит файл bootsect.dos
остальное (Microsoft Windows 2000, Previous Operating System) - просто напросто текст, который будет отображаться в загрузочном меню, а само меню будет на экране столько секунд, сколько указано в timeout, после чего загрузится ОС, указанная в default

теперь зачем это все нужно. Через multi... грузятся NTшные винды (NT,2000,XP,2003), все остальное грузится (при использовании данного загрузчика) через bootsect.dos
Что ж это за файл. А это, собственно BootRecord, в которм сидит загрузчик твоей МЕ (вернее, должен сидеть). А может, и BootRecord от линукса или еще чего-нить. Можно написать не C:\, а C:\somefile.dat, указав конкретный файл вместо bootsect.dos, можно указать несколько файлов и т.д.

Так вот, чтобы все было ОК, вот что тебе нужно сделать, если не хочешь винды переставлять:
1)ставишь timeout=5, и если файл bootsect.dos присутствует, и в сеню прописан, пробуешь загрузиться через соответствующий пункт меню. Скорее всего у тебя ничего не выйдет, и тогда
2)берешь DiskEditor (любой, я например страньким нортоновским пользуюсь, хоть и глючит он безбожно). лезешь на тот раздел, где стоит МЕ, открываешь первый сектор на этом разделе - там под конец сектора должны просматриваться строки IO.SYS и MSDOS.SYS.
Сохраняешь этот сектор в тот самый bootsect.dos (уже на разделе 2000), пробуешь грузиться
3)если вместо io.sys и msdos.sys просматривается NTLDR is missing, то либо ты не тот раздел залез, либо нужно сделать еще одну вещь: загрузиться с миллениумовской (не 98!) загрузочной дискеты и сделать sys c: (c: - где стоит миллениум), а потом повторить пункт 2.

Только не забудь, DiskEditor - тонкий инструмент, и если чего не так сделаешь, комп вообще может перестать грузиться, так что...

Dread Knight
Я боюсь он этого не осилит.
OT4IM
Не поленись, наверняка там не такая уж ценная инфо стоит.
Грохни все и вся. С fdisk ом (или аналогом каким) оставь только один активный раздел С:. Как уже посоветовали, установи все с нуля. Вначале 98 или 98ME, а после 2000 ный. Он сам тебе все и поставит как надо. А так похоже и помучаешься зря, да и будет наверно глючить намного хуже. В конце концов все равно к этому придешь.
Удачи.

Я нашёл воот.ini в папке Partition Magic,там вот что [boot loader]     timeout=5         default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS  [operating systems]   multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows 2000 Professional RUS"/fastdetect .Можно тут дописать строчку про Милениум и как ,или нет? С Disk Editor я только наделаю проблем побольше.А ещё мне пришла мысль сделать 3-ий раздел,поставить Милениум  на него  и соединить в один с незагружаемым Мелениумом .Жду совета.                                                      

забудь про PartitionMagic, и про третий раздел тоже
лучше и впрямь переставь обе винды.
Кстати, можешь ставить поверх, а не заново (т.е., МЕ - в папку с МЕ, не удаляя оттуда ничего, 2000 - в папку 2000). Так и все настройки в виндах не собьются, и грузиться все будет нормально

Хорошо поставлю обе поверх.Спасибо за советы!