Прикручиваю почтовый сервер и прокси, а потры уже используются или закрыты (25,110,3128).

А можно поподробне... что прикручивается? и к чему прикручивается (винда какая)?

Устанавливаю почтовый сервер на Win2000,
при запуске пишет что порты 25 и 110 заняты,
если конфигурирую на другие порты - работает.

1. если ставил не родной виндовый SMTP - то посмотри может у тебя и родной установлен (в компонентах винды -> IIS)
2. В свойствах сетевой карты-> tcp/ip-> дополнительно-> параметры-> фильтрация tcp/ip сними галку "задействовать фильтрацию"

проверить - открыт ли порт можно "netstat -an" - статус listening/
проверь, если порты перекрываются другим фаерволом - перенастрой его, открой порты.