Как через локальную сеть получить полный доступ к машине под управлением Win98? (в сети видно одну расшареную папку, физического доступа к компьютеру нет)

Если эта папка не с:/Windows - при этом наборе знаний - пока никак.

Т.е. получается, что в локальной сети система под управлением Win2000 более уязвима, чем Win98?

Win98 - это одна большая дырка, через которую можно делать с компьютером все что угодно. В Инете полно сканеров и шпионов, которые позволяют получить полный доступ к компьютеру под управлением этой ОС. С другой стороны, пропатченая W2000, если за компьютером сидит не валенок, практически закрыта для атак.

Поправочка.
Да более уязвима, если обе системы ставили по умолчанию, без паролей и никто их не настраивал.
В 98-й по умолчанию ничего не расшаривается, и ни каких служб удаленного администрирования не запускается. 98-я есть  операционка для персонального использования, и является чистым клиентом.
В 2000-й по умолчанию расшаривается скрытый доступ ко всем папкам, и еще куча служб необходимых для удаленного администрирования. 2000-я для корпоративного использования и централизованного администрирования.
Если хочешь сделать из 2000-й чисто клиентскую ось, прийдется вручную отключать лишние службы и зашаривать диски.