Есть файл из положим 100 листов в разнобой, 80 из который формата А2-А0, их нужно расположить в порядке нумерации в угловом штампе (правый нижний угол портянки).

Как это выглядит в Acrobat Pro - либо просматриваем 100 листов и находим первый лист, тащим мышкой на первую позицию, просматриваем 99 листов находим 2 лист, тащим на вторую позицию, просматриваем 98 листов в поисках третьего ... и так пока глаза не вылезут.

Либо: просматриваем листы и каждый лист перетаскиваем: нашли 16 - перетащили на позицию 16, затем нашли пятый, шестой и седьмой, вставили куда надо - и вот наш 16 лист сместился на 19 позицию, потом нашли лист 17 и вставили его перед 16, потому что он сместился вперед. Соответственно, таких проходов будет столько, сколько нужно для правильной сортировки.

Вроде как это два основополагающих алгоритма сортировки в программировании.

В Free PDF Tools это выглядело так: разбиваем pdf на страницы, один раз открываем через предпросмотр Total Commander через ctrl+Q (т.е. навел курсор в одной панели - во второй видишь содержимое, находишь номер страницы), жмем F2 и переименовываем файл в цифру порядкового номера. После одного прохода собираем через Free PDF Tools в один файл и получаем результат. Несмотря на нудный процесс переименования - это в разы быстрее, чем таскать мышкой. В разы.
К сожалению, не знаю как получить программный доступ к файлу pdf, давно руки чешутся написать аддон, чтобы все происходило автоматом, даже с Java начал ради этого разбираться, но времени нет.

тоже Free PDF Tools достаточно удобен, когда речь идет о больших последовательностях страниц. Миниатюры не позволяют ориентироваться по номерам чертежей, на миниатюре все слишком мелкое, положим нужно вставить 20 чертежей из конца документа (а именно номера страниц 101-120) после страницы 56, а страницы 64, 67-68 после этого удалить.
При работе с миниатюрами выделяем миниатюры 101-120, перетаскиваем в нужное место, и страницы 64, 67-68 уже не на своих местах, их нужно снова искать (то есть сопостовлять номер страницы по pdf с номером страницы по угловому штампу, который на миниатюре не виден). В случае мелких задач конечно проще мышкой перетащить, но не более того.

В Free PDF Tools достаточно написать строку с новым порядком: "1-56,101-120, 57-63, 65-66, 69-100", и страницы сразу займут свое единственно правильное положение.