Canon MF Toolbox перестал видеть сканер
 

Видит сканер только если в свойствах ярлыка MF Toolbox поставить галку "Запускать от администратора", соответственно теперь нужно пользователя делать администратором. Может кто сталкивался как лечить? (Удаление/Переустановка драйверов canon не помогает)

Попробуйте:
Дать права пользователю на всю папку Canon MF Toolbox
Найти ветку Canon MF Toolbox в реестре и там дать пользователю полные права.

Гуглеж таки помог: чтобы не делать пользователя администратором придется стереть его профиль, после чего mf toolbox начинает вести себя как обычно и работает запуск сканирования с кнопок на самом устройстве Canon.